ich hab das in der Version B155 mal "nachgestellt"; bei mir funktioniert es (sowohl im Experten- als auch im "Normal"-Modus), d.h. die zweite Rafa geht korrekt in den Speicher (siehe Screenshot). Hast du dynamische oder projektierte Fahrstrassen?
Bei verschiedenen Tests auf meinem Stellwerk habe ich festgestellt, dass nicht alle RaFa davon betroffen sind, jedoch die meisten. Mögliche Gründe habe ich keine gefunden.
Im Anhang das kleine Beispiel von oben als Stellwerk-Datei ohne programmierte Fahrstrassen. MStw-Programmversion 11.0 B155. In diesem Beispiel können alle möglichen RaFa gegeneinander eingestellt werden.